آیت الله سید محمد حسینی زنجانی ،فرزندمرجع تقلید حاضر آیت‌الله العظمی سید عزالدین حسینی زنجانی در سال 1326 در قم متولد شد. او تحصیلات خود را زیر نظر پدر و در حوزه علمیه زنجان آغاز کرد. در سال 1343 برای ادامه تحصیل به قم رفت ودروس سطح را نزد استادانی چون آیت‌الله شیخ مرتضی بنی‌فضل و سید ابوالفضل موسوی تبریزی گذراند. در سال 1345 به علت فعالیت‌های سیاسی و درگیری با ساواک مجبور به ترک قم و اقامت در مشهد شد.

او تحصیلات فقهی و اصولی خود را در مشهد نزد آیت‌الله سید ابراهیم علم‌الهدی ادامه داد و به درس خارج آیت الله العظمی سید محمد هادی میلانی راه یافت و مدت پنج سال از درس وی بهره برد. همچنین در مشهد به مدت هشت سال از درس خارج فقه و اصول و تفسیر والد خود آیت الله العظمی حسینی زنجانی بهره برده است. وی سپس به قم برگشت و مدت شش سال نیز در درس خارج آیت الله العظمی شیخ حسین وحید خراسانی حاضر شد. وی حکمت و فلسفه را نیز نزد والدش آیت الله العظمی حسینی زنجانی و آقای شیخ علی تهرانی تحصیل کرده است.آیت الله سید محمد حسینی زنجانی از آیات حسینی زنجانی، علم الهدی و بنی فضل اجازه اجتهاد دارد.

ایشان فعلاً به اقامه نماز جماعت در مسجد جامع زنجان مشغول است و مدیریت حوزه علمیه سید(اعلی الله مقامه) زنجان را بر عهده دارد ونیز مسئول پاسخگویی به استفتائات آیت‌الله العظمی سیدعزالدین حسینی زنجانی است.همچنین در حوزه علمیه سیدبه تدریس خارج فقه بر مبنای جواهرالکلام می پردازد.از وی کتابی درآداب زیارت عاشورا و شرح فقراتی از آن منتشر شده است و آثار دیگری در دست تکمیل و چاپ دارد